ศูนย์การเรียน เซนต์ ยอห์นบอสโก ปทุมธานี เป็นสถานศึกษาที่ดำเนินงานจัดการการศึกษาขั้นพื้นฐานในศูนย์การเรียน ตามกฎกระทรวงว่าด้วยสิทธิขององค์กรชุมชน และองค์กรเอกชนในการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐานในศูนย์การเรียน พ.ศ. ๒๕๕๕ อาศัยอำนาจตามความในมาตรา ๕ แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ ๒) พ.ศ. ๒๕๔๕ และมาตรา ๑๒ แห่งพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ. ๒๕๔๒ ได้ให้การรับรองสิทธิในการจัดการศึกษาภาคสังคม และประชาชน